法要のあとの会食は、住職にも声をおかけした方がいいのでしょうか？お膳料をお渡しすればいいですか？

やはり住職にもお声をかけておくべきでしょう。

お誘いをした上で、お断りされた場合は御膳料を包むのが一般的です。