仏壇に置く仏具の飾り方に決まりはあるのでしょうか？たとえば位牌と本尊だとどちらを上に置くべきなのでしょうか？

仏壇はお寺の本堂のようなものですから、菩提寺の宗派によって変わってきます。

浄土宗と浄土真宗は阿弥陀如来を本尊とします。真言宗は大日如来、曹洞宗・臨済宗・天台宗は釈迦如来、日蓮宗は南無妙法蓮華経の掛け軸を本尊とします。

位牌は、故人は戒名を受け仏弟子になったのだから、本尊の一段下に置くという考え方が一般的です。しかし、仏壇の大きさや仕様によって、本尊と同じ段にしか位牌を置く場所がなければ、それもやむをえないでしょう。